در سال ۱۳۷۱ در منطقه باد مرغان هرات در کوچه ای باریک یک از دوستداران علم و فرهنگ خانه مسکونی اش را در اختیار عده ای از خیرین و فرهنگیان مهاجر گذاشت تا برای تعلیم و تربیه فرزندان میهن استفاده گردد.

در این خانه مسکونی که چند اتاق قدیمی بیشتر نداشت، تعدادی از دختران و پسران جمع شدند تا سواد بیاموزند. یک یا دو صنف سواد حیاتی تشکیل شد و آموختن آغاز گردید. سال ۱۳۷۳ برای پسران مرکزی در بکرآباد و برای دختران همان مکان سابق برای تعلیم و تربیه شان در نظر گرفته شد.

در سال ۱۳۷۵ بعد از تصرف هرات توسط طالبان این مدارس با تعدادی تقریب به ۵۰۰ دانش آموز دختر و پسر به برنامه های آموزشی خود ادامه دادند. ولی بعد از چند ماه با تغییر سیاست طالبان مدارس دخترانه تعطیل گردید. دانش آموزان دختر توحید تحت نام آموزش قرآن در یک مسجد به دروس خود ادامه دادند ولی با شرائطی سخت تر. مدارس توحید در دوران طالبان با مشکلات زیادی مواجه بودند. بعد از زوال طالبان و استقبال بی سابقه مردم از علم و فرهنگ، مدارس توحید جان تازه ای یافت. بعد از شروع توزیع جواز رسمی از سوی وزارت معارف افغانستان در سال ۱۳۸۶ به مکاتب خصوصی، مکاتب توحید پیشگام بوده و دومین، سومین و چهارمین جواز رسمی در سطح افغانستان را به خود اختصاص دادند(گرچه حق شان اولین بود). در همان سالها آموزش کامپیوتر با سیستم ICDL در مدارس توحید تدریس می گردید. جشنواره هایی مثل دانش پژوهان و قصه گویی برای اولین بار در افغانستان با هدف پیشرفت و رشد مهارت های کلامی و جستجوگری دانش آموزان ومعلمین برگزار گردید. ارتباطات بین المللی شروع گردید. بریتیش کنسول اولین مرکزی بود که استعداد خاص توحیدی ها را کشف و زمینه سفرهای خارجی و دیدار مکاتب انگلستان و شرکت در سمینارهای داخلی را برای نیروهای توحید فراهم کرد. از سویی دیگر آزمونهای سنجش هوش و شناخت هوشهای چند گانه برای اولین بار در افغانستان توسط موسسات توحید برای دانش آموزان برگزار گردید.

رشد و بالندگی نمی شد تنها برای دانش آموزان باشد لذا با تاسیس مرکز تربیه معلم توحید، راه برای پیشرفت معلمینی که مشکل مدرک داشتند، نیز باز شد.

در سال ۱۳۹۰ مکتب توحید ۴ و یک سال بعد مکتب پیشگامان توحید برای مردمی که در ناحیه ۵ هرات زندگی می کردند شروع به خدمات دهی کردند گرچه بعد از مدتی توحید ۴ تعطیل و به فعالیت ادامه نداد. شرکت شاگردان توحید در مسابقات کانگورو نیز از دید مسئولین زحمت کش موسسات توحید دور نماند. در همین سال برای اولین بار در افغانستان صنوف آموزش رباتیک برگزار گردید. در زمستان ۱۳۹۰ تعدادی از اساتید خارجی جهت آموزش رباتیک به افغانستان دعوت شدند و تعدادی از معلمین و شاگردان مکاتب توحید با ربات و رباتیک آشنا شدند و سال آینده برای اولین بار در مسابقات رباتیک خارج از افغانستان شرکت کرده و مدال آوردند. مدال دیگری که دانش آموزان توانستند در این سال به دست آورند مدال نقره بود که از مسابقات نقاشی هیراکی در کشور جاپان کسب کردند.

درسال ۱۳۹۳ شکوفه های توحید یک و در سال ۱۳۹۵ شکوفه های توحید دو در هرات وآفرینش ۱ در کابل شروع به فعالیت کرد.

UCMAS  یکی از روشهای محاسبات ذهنی هست که مسئولین موسسات توحید تصمیم گرفتند تا ارمغانی نو برای دانش آموزان موسسات توحید باشد و با تکیه بر تکنیک های آن بالندگی شاگردان فزونی یابد. برای اولین بار نمایندگی رسمی یوسی مس برای مردم افغانستان خریداری گردید و آموزش آن برای شاگردان توحید در سال ۱۳۹۴ آغاز شد. تیم یو سی مس موسسات توحید در سال ۱۳۹۵ برای اولین بار پا به میدان مسابقاتی می گذاشتند که بیش از ۴۵ کشور برتر جهان در رقابتهای UCMAS شرکت داشتند و این تجربه ای بود که با چیزی قابل تعویض نبود. در همان سال اولین رادیوی آموزشی بنام رادیو”آموزش” توسط مکاتب توحید راه اندازی گردید. تعدادی از دانش آموزان با ذوق و شوق در رادیو حاضر شده و برنامه تولید می کردند. متاسفانه رادیو بخاطر مشکلات مالی نتوانست زیاد دوام بیاورد.

موسسات توحید در زمستان ۱۳۹۵ با معرفی چهار دانش آموز دختر که الفبای رباتیک را در توحید فراگرفته بودند، به موسسه دیجیتال ستیزن و شرکت در مسابقات آمریکا که جهانی گردید، بنوعی باعث امید در دل مردم افغانستان گشت. در سال ۱۳۹۶ دومین مرکز آفرینش درهرات به فعالیت آغاز نمود.

سالانه هزاران دانش آموز در این موسسات علاوه بر یادگیری مضامین رسمی معارف و سایر مکاتب با مهارتهایی مثل رباتیک، یوسی مس، سخنوری، قصه گویی، دانش پژوهی، شاهنامه خوانی، نقاشی آشنایی یافته و علاوه بر همه اینها تعدادی با فراغت از این موسسات با نمراتی عالی در کانکور خاطرات خوشی را با خود همراه می برند.